U toploj vodi Niške Banje, početkom četvrtog veka uživao je i slavni car Konstantin Veliki, jedan od najistaknutijih vladara antičkog sveta, začetnika hrišćanstva na ovim prostorima i osnivača Konstantinopolja. Voda je olovnim cevima dopremana u carev raskošni letnjikovac Medijanu, podignutu na pola puta između Banje i njegovog rodnog Naisusa, današnjeg Niša. Priča o srpskim dinastijama u Niškoj Banji seže u prošlost. Stefan Nemanja, veliki srpski župan i rodonačelnik dinastije Nemanjića, dočekao je u Nišu, jula 1189. godine, cara Fridriha Barbarosu i njegove krstaše u pohodu na istok. Cara je darivao, a vojsku opskrbio za daleki put. Teško je poverovati, ali Stefan Nemanja svog slavnog gosta nije poveo do toplih izvora obližnje banje.
Dok je bio pod osmanlijskom vlašću, Niški okrug je snažno bio vezan za dinastiju Obrenović jer je Milanovom zaslugom održavao trgovačke veze sa Bečom i Peštom. Kada je srpska vojska pod njegovom komandom ušla u grad 1878. godine i pripojila ga Srbiji, Nišlije su ga slavile kao oslobodioca. „Stari gospodar“ i „mladi kralj“ – tako su u narodu nazivali Milana i Aleksandra – uvek su bili dragi gosti Niša, a 1902. godine kralju Milanu i oslobodiocima, podigli su spomenik u centru grada. U oslobođenoj niškoj čaršiji, trgovina i zanatstvo dobijaju novi zamah. Dućani, kafane i uzani sokaci bili su prepuni naroda dok su zurle i daire odzvanjale sa svih strana. Bio je običaj da se nedeljom i praznikom odlazi na teferič u Banju, gde se uz pesmu, svirku i čočeke veselilo do kasno u noć. Zbijale su se šale, prizivalo „staro živuvanje“, mešale šarene nošnje, srpske i turske. Jedino su staleži bili razdvojeni. U grad se vraćalo zapregom, kasno u noć. Eto, u takav Niš i takvu Banju su dolazili dva kralja, poslednji izdanci loze Obrenović.
Tridesetih godina prošlog veka, Niška Banja se naglo razvija u banjsko-klimatko lečilište nalik evropskim banjama koje su u to vreme bile prestižna mesta i sastajalište mondenskog sveta. Na širokom platou podno Koritnjaka najpre je podignuto monumentalno zdanje banjskog kupatila, današnje „Staro kupatilo“ kojim se još šire opuštajući mirisi tople vode i peloida. Ubrzo su bogati trgovci i prvi srpski industrijalci podizali uokolo raskošne vile, i dok se Srbija još oporavljala od ratova, oni su u Banju donosili, sjaj, luksuz i evropski način života. Dva hotela i škola, uređeni park ispred kupatila, i od 1932. godine tramvajska veza sa Nišom, potpuno su izmenili izgled malog turističkog naselja. Započelo je novo doba u razvoju Banje i banjskog turizma. Upravo u to vreme, krajem dvadesetih i početkom tridesetih godina, kralj Aleksandar I Karađorđević bio je redovan gost Niške Banje i obično je odsedao u vili „Jela“,u vlasništvu Jovana Todorovića, dvorskog advokata. Meštani je danas nazivaju „Kraljeva vila“.
Pre nego što je izgrađena 1931. godine, kralj je bio gost u kući jednog banjskog domaćina. Dolazio je bez velike pompe i najave. Stražarska kućica ispred vile i istaknuta zastava Kraljevine Jugoslavije, bili su jedini znak da je Kralj u Banji. Šetao je bez pratnje, družio se sa meštanima i odlazio u posete banjskim domaćinima da porazgovara i proba njihova vina. Zato se niko nije čudio ako bi njihov vladar, o narodnim veseljima, zaigrao u kolu. Koliko god da su meštani uživali u Kraljevim posetama, svakako je i on iz Banje nosio najlepše uspomene. Godine 1934, kralj Aleksandar je iz Niške Banje krenuo na svoje poslednje putovanje. Otišao je u Marsej i tragično stradao u atentatu. Ta vest je najtužnije odjeknula u Niškoj Banji. Meštani su bili odlučni u nameri da Banja ponese ime njihovog omiljenog Kralja, ali okolnosti su se promenile. Došao je novi režim i vile su dobile druge stanare – izbegle i stradale u ratnom vihoru.
Niška Banja je bila omiljeno mesto tri kralja i dve srpske dinastije. U čast vladara koji svojim prisustvom i kraljevskim dostojanstvom ostaviše Banji duh elitizma, zahvalni meštani su podigli spomen-česmu i nazvali je „Tri kralja“.
Značajniji razvoj banjskog lečilišta počeo je od 1923. godine, kada je brigu o Banji preuzela država. 1926. godine dr Đoka Mihajlović, sreski sanitarni referent, postavljen je za banjskog lekara. Njega je Banjska uprava 1928. godine uputila u Čehoslovačku na specijalizaciju iz balneofizikalne terapije u vezi sa lečenjem unutrašnjih bolesti. Sredinom 1935. godine, napravljeno je Novo kupatilo (današnje tzv. „Staro kupatilo“) što je stvorilo mogućnost većeg broja posetilaca. U periodu između 1935. i 1940. godine, Banja doživljava svoj procvat, gde je prosek bio iznad 5.000 gostiju, a 1938. godine 6.265 gostiju. U to vreme raspolagalo se sa 510 postelja u ugostiteljstvu i 530 postelja u privatnom smeštaju, koje su opsluživali jedan stalni i četiri sezonska lekara. Godine 1950. banjsko lečilište je raspolagalo sa četiri hotela i dve vile, odnosno 570 postelja. Isticano je da su prema broju posetilaca smeštajni kapaciteti nedovoljni, čak i sa 800 postelja u privatnom smeštaju. U to vreme je bilo puno lutanja i apsurda, pa su o smeštaju bolesnika sklapani ugovori između republičkog i opštinskih zavoda za socijalno osiguranje, s jedne strane i Ugostiteljskog preduzeća „Niška Banja“ s druge strane. Banjsko lečilište pružalo je samo zdravstvene usluge.
U periodu 1954-1956. godine u Niškoj Banji prosečno je bilo 17.088 posetilaca, time je posle Vrnjačke Banje, Niška Banja postala najposećenija banja u FNRJ. Prvih meseci 1963. godine Niška Banja je dobila status banje. Krajem januara 1966. godine Banjsko i klimatsko lečilište „Niška Banja“, preimenovano je u Prirodno lečilište „Niška banja“. Tada je upisana promena delatnosti – „Lečenje i rehabilitacija reumatskih i srčanih oboljenja“, a direktor je bio dr Dragoslav Koković. Skupština opšine Niš i Okružni privredni sud u Nišu, decmbra 1966. godine donose rešenje o upisu novog naziva ustanova, koji glasi „Zavod za prevenciju, lečenje i rehabilitaciju reumatskih i srčanih bolesnika“, a na čelo ustanove došao je prof. dr Dimitrije Mihajlović.
Osnivanjem Zavoda, značajno je poboljšan broj medicinskih procedura, pa je u odnosu na 1961. godinu, kada je u Banji bilo 12995 posetilaca, 1971. godine njihov broj je gotovo dupliran i iznosio je 23476 posetilaca. Izgradnjom stacionara „Radon“ 1975. godine, sa kompletno novom i savremenom opremom, počelo je novo razdoblje u radu Zavoda, kao vrhunske nastavne, naučne i zdravstvene ustanove. Godine 1979. Zavod je prerastao u Institut za prevenciju, lečenje i rehabilitaciju reumatskih i kardiovaskularnih bolesnika. Zbog značaja za zdravstvo Srbije, 1993. godine vlada Republike Srbije postaje osnivač Instituta. Godine 1981. počeo je da radi stacionar „Terme“, a 1996. dograđen je još jedan sprat na objektu stacionara „Radon“, tako da je ukupni kapacitet 560 postelja. Decembra 2006. godine, otvoren je renovirani hidroblok u stacionaru „Zelengora“, u okviru koga je izgrađen novi bazen sa pokretnim dnom, što je olakšalo korišćenje termomineralne vode teško pokretnim bolesnicima. Tada je puštena u rad i nova energana, koja za svoj rad koristi termomineralnu vodu. Aprila 2007. godine, u stacionaru „Radon“, otvoren je velnes centar „Sens“ sa svim sadržajima modernih evropskih centara, što je osavremenilo ponudu Instituta „Niška Banja“. Današnji zvanični naziv zdravstvene ustanove je Institut za lečenje i rehabilitaciju „Niška Banja“, Niš.
